การทำงานผิดปกติของระบบต่อมไร้ท่ออาจทำให้เกิดอาการทางประสาท-จิตเวชต่าง ๆ เช่น ความผิดปกติของการทำงานในส่วนสมองแกนไฮโปทาลามัส-พิทูอิทารี-อะดรีนัล (HPA) และแกนไฮโปทาลามัส-พิทูอิทารี-ไทรอยด์ (HPT) ปรากฏในคนไข้โรคซึมเศร้าบางส่วน[61]

แนวทางการจัดการโรคซึมเศร้าสำหรับแพทย์เวชปฏิบัติทั่วไปในสถานบริการระดับปฐมภูมิและทุติยภูมิ (CPG-MDD-GP) ปี 2553 ของกรมสุขภาพจิตแห่งประเทศไทยสรุปโรคที่อาจเป็นในหมวดนี้ว่า disorder of cortisol, thyroxin orparathormone production คือ ภาวะน้ำตาลในเลือดต่ำ[50], และ hypopituitarism[62]

ต่อมหมวกไต

• Addison's disease (หรือต่อมหมวกไตทำงานไม่เพียงพอเรื้อรัง, hypocortisolism, หรือ hypocorticism) เป็นโรคที่มีน้อย เป็นโรคระบบต่อมไร้ท่อที่ต่อมหมวกไตซึ่งอยู่เหนือไต ผลิตฮอร์โมนสเตอรอยด์ไม่เพียงพอ (คือ glucocorticoid และบ่อยครั้ง mineralocorticoid)

• กลุ่มอาการคุชชิง (Cushing's Syndrome หรือ hypercortisolism) เป็นโรคระบบต่อไร้ท่อที่ผลิตฮอร์โมนกลุ่มสเตอรอยด์ คือ cortisol เกิน ถ้าไม่ใช่กำลังใช้ยาสเตอรอยด์อยู่ จะมีเหตุมาจากเนื้องอกในต่อมใต้สมองหรือต่อมหมวกไต หรือในกรณีที่น้อยกว่า จากเนื้องอกที่หลั่ง ectopic hormone ความซึมเศร้าเป็นลักษณะที่สามัญของคนไข้และบ่อยครั้งจะดีขึ้นเมื่อได้รักษาเหตุของโรค[64]

ต่อมไทรอยด์และพาราไทรอยด์

• โรคคอพอกตาโปน เป็นโรคภูมิต้านตนเองที่ต่อมไทรอยด์ทำงานมากเกินไป มีผลเป็นอาการไฮเปอร์ไทรอยด์และโรคไทรอยด์เป็นพิษ (thyrotoxicosis)
• Hashimoto's thyroiditis (ต่อไทรอยด์อักเสบแบบภูมิต้านตนเอง หรือเรียกอีกอย่างว่า chronic lymphocytic thyroiditis) เป็นภาวะภูมิต้านตนเองซึ่งต่อมไทรอยด์ค่อย ๆ ถูกทำลายโดยเซลล์และสารภูมิต้านทาน ที่อำนวยโดยระบบภูมิคุ้มกัน และสัมพันธ์กับสารภูมิต้านตนเอง คือ thyroid peroxidase และ thyroglobulin[65]
• Hashitoxicosis
• ภาวะไทรอยต์ฮอร์โมนน้อย (Hypothyroidism)
• ภาวะไทรอยต์ฮอร์โมนเกิน (Hyperthyroidism)
• ภาวะพาราไทรอยต์ฮอร์โมนเกิน (Hypoparathyroidism) สามารถมีผลต่อภาวะธำรงดุลของแคลเซียม มีกรณีโรคซึมเศร้าที่หายโดยสิ้นเชิงเมื่อให้อาหารเสริมคือแคลเซียม ซึ่งเป็นโรคเหตุ Hypoparathyroidism โดยส่วนเดียว[66]

เนื้องอกในต่อมหมวกไต

เนื้องอกในต่อมหมวกไตค่อนข้างจะสามัญในกลุ่มประชากรทั่วไปโดยมีค่าประเมินสูงถึง 25%[67]เนื้องอกโดยมากพิจารณาว่าไม่ร้าย และเป็นสิ่งที่พบโดยบังเอิญเมื่อชันสูตรศพหรือเมื่อสร้างภาพสมอง ซึ่งจะเรียกเนื้องอกว่า incidentalomaแต่ว่าแม้ในกรณีที่ไม่ร้าย เนื้องอกในต่อมหมวกไตอาจมีผลต่อการรู้คิด พฤติกรรม และอารมณ์[68][69]เนื้องอกต่อม (microadenoma) ที่เล็กกว่า 10 มม. โดยทั่วไปพิจารณาว่าไม่ร้าย แต่ว่าการมีเนื้องอกเช่นนี้มีหลักฐานว่าเป็นปัจจัยเสี่ยงต่อการฆ่าตัวตาย[70][71]

ตับอ่อน

ภาวะน้ำตาลในเลือดต่ำ การผลิตอินซูลินเกินเป็นเหตุให้ระดับกลูโคสในเลือดลดลง ในงานศึกษาคนไข้ที่กำลังฟื้นสภาพจากความบาดเจ็บในปอดแบบฉับพลันในห้องไอซียู คนไข้ที่เกิดภาวะน้ำตาลในเลือดต่ำเมื่อยังอยู่ใน รพ. มีอัตราความซึมเศร้าที่สูงขึ้น[73]